Pada 1982, Anwar, yang merupakan pemimpin pengasas dan presiden kedua sebuah pertubuhan belia Islam yang dikenali sebagai Angkatan Belia Islam Malaysia (ABIM), mengejutkan penyokong liberal dengan menyertai Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (UMNO), yang diketuai oleh Mahathir bin Mohamad, yang menjadi Perdana Menteri pada tahun 1981. Anwar meninggalkan ABIM pada 29 Mac 1982 untuk menyertai UMNO, terdapat 40000 ahli ABIM ketika itu. Beliau dinaikkan pangkat politik dengan cepat: pejabat menteri pertamanya ialah Menteri Kebudayaan, Belia dan Sukan pada tahun 1983; selepas itu, beliau menerajui Kementerian Pertanian pada tahun 1984 sebelum dilantik sebagai Menteri Pelajaran pada tahun 1986. Pada masa itu, spekulasi bertiup kencang mengenai pendakian Anwar untuk jawatan Timbalan Perdana Menteri kerana ia adalah satu fenomena yang biasa berlaku di Malaysia bagi Menteri Pendidikan untuk mengambil alih jawatan Timbalan PM dalam masa terdekat.

Semasa memegang jawatan Menteri Pendidikan, Anwar memperkenalkan pelbagai dasar pro-Melayu dalam kurikulum sekolah kebangsaan. Salah satu perubahan besar beliau adalah untuk menamakan semula bahasa kebangsaan dari Bahasa Malaysia kepada Bahasa Melayu. Bukan Melayu mengkritik langkah ini kerana ia akan menyebabkan generasi muda yang akan terpisah daripada bahasa kebangsaan, kerana mereka akan menyifatkan ia menjadi sesuatu yang dimiliki oleh orang Melayu dan tidak kepada rakyat Malaysia. Sebagai Menteri Pelajaran, Anwar telah dipilih sebagai ke-25 Presiden Persidangan Agung UNESCO. Pada tahun 1988, Anwar Ibrahim menjadi Presiden Universiti Islam Antarabangsa Malaysia yang kedua.[13]

Pada 1991, Anwar telah dilantik sebagai Menteri Kewangan. Semasa menjadi Menteri Kewangan kesan beliau adalah serta-merta; Malaysia menikmati kemakmuran pernah berlaku sebelum dan pertumbuhan ekonomi. Tidak lama selepas menjadi Menteri Kewangan, Euromoney menamakannya sebagai empat menteri kewangan teratas dan pada tahun 1996 Asiamoney menamakannya sebagai Menteri Kewangan Terbaik. Di tengah-tengah krisis kewangan Asia pada tahun 1997, Anwar telah dinobatkan untuk membimbing Malaysia melalui tempoh ketidakstabilan. Beliau menyokong prinsip pasaran bebas dan menekankan isu kedekatan perniagaan dan politik di Malaysia. Beliau menyokong akauntabiliti, enggan untuk menawarkan ikat jamin kerajaan dan memulakan pemotongan perbelanjaan meluas. Sebagai Timbalan Perdana Menteri dan Menteri Kewangan, pada Mac 1998, Anwar Ibrahim telah dipilih sebagai Pengerusi Jawatankuasa Pembangunan Bank Dunia dan Tabung Kewangan Antarabangsa dari Mac hingga September 1998.[14]

Pada tahun 1993, beliau menjadi Timbalan Perdana Menteri Mahathir selepas memenangi Timbalan Presiden UMNO menentang Allahyarham Tun Ghafar Baba. Terdapat laporan Anwar telah menggunakan bayaran tunai yang besar untuk memenangi sokongan. Anwar didakwa telah menggunakan politik wang untuk menjamin kedudukannya sebagai Timbalan Presiden UMNO. Pengikut Anwar menjadi saksi, walaupun oleh wartawan asing, menyampaikan paket wang untuk memperolehi sokongan pemimpin bahagian UMNO. Mereka dikatakan bekerja di bawah arahan Anwar.[15] Anwar sedang dipersiapkan untuk menggantikan Mahathir sebagai Perdana Menteri, dan sering dirujuk di khalayak ramai untuk hubungan "anak lelaki bapa" beliau dengan Mahathir; pada awal tahun 1997, Mahathir melantik Anwar sebagai Pemangku Perdana Menteri semasa beliau mengambil cuti dua bulan.

Menjelang akhir tahun 1990-an, bagaimanapun, hubungan dengan Mahathir telah mula merosot, dicetuskan oleh pandangan yang bercanggah mereka tadbir urus. Dalam ketiadaan Mahathir, Anwar telah bebas mengambil langkah-langkah radikal, yang bercanggah dengan dasar-dasar Mahathir, untuk menukar mekanisme yang mentadbir negara. Isu-isu seperti bagaimana Malaysia akan bertindak balas terhadap krisis kewangan sering di barisan hadapan dalam konflik ini.

Serangan barisan Anwar terhadap apa yang disifatkannya sebagai budaya meluas nepotisme dan kronisme dalam UMNO (dan parti pemerintah secara keseluruhan) menimbulkan kemarahan Mahathir, seperti yang dilakukannya ialah percubaan untuk hapus dasar perlindungan yang Mahathir telah dirikan. "Kronisme" telah dikenal pasti oleh Anwar sebagai penyebab utama rasuah dan penyelewengan dana di negara ini.

Krisis kewangan, kejatuhan kuasa dan sabitan pertama

Semasa Krisis Kewangan Asia 1997, Anwar, sebagai Menteri Kewangan, menyokong pelan Tabung Kewangan Antarabangsa (IMF). Beliau juga memulakan pakej penjimatan yang memotong perbelanjaan kerajaan sebanyak 18%, memotong gaji menteri dan projek-projek utama yang tertunda. "Projek-projek Mega", walaupun menjadi asas kepada strategi pembangunan Mahathir, telah banyak disekat.

Walaupun banyak syarikat Malaysia menghadapi kebankrapan, Anwar menyatakan: "Tidak ada persoalan bagi sebarang ikat jamin. Bank-bank akan dibenarkan untuk melindungi diri mereka dan kerajaan tidak akan campur tangan." Anwar menyokong pendekatan pasaran bebas kepada krisis, termasuk pelaburan asing dan liberalisasi perdagangan. Mahathir menyalahkan spekulator mata wang seperti George Soros untuk krisis, dan menyokong kawalan mata wang dan peraturan yang lebih ketat daripada pelaburan asing.[16]

Pada tahun 1998 majalah Newsweek menamakan Anwar "Asian of the Year". Walau bagaimanapun, pada tahun itu, perkara-perkara di antara Anwar dan Mahathir datang sekitar masa Perhimpunan Agung UMNO yang diadakan empat tahun sekali. Sayap Pemuda UMNO, yang diketuai oleh sekutu Anwar, Ahmad Zahid Hamidi, memberi notis bahawa ia akan memulakan perbahasan "kronisme dan nepotisme". Pada Perhimpunan Agung, buku, 50 Dalil Kenapa Anwar Tidak Boleh Jadi PM telah diedarkan mengandungi dakwaan grafik homoseksual, serta tuduhan rasuah terhadap Anwar. Buku ini telah ditulis oleh Khalid Jafri, bekas penyunting akhbar yang dikawal kerajaan Utusan Malaysia dan bekas ketua penyunting daripada majalah yang gagal, Harian Nasional. Anwar mendapat injunksi mahkamah untuk menghalang pengedaran selanjutnya buku dan memfailkan tuntutan mahkamah terhadap penulis kerana memfitnah. Polis mendakwa pengarang buku dengan penerbitan berniat jahat berita palsu.[17] Pihak polis telah diarahkan untuk menyiasat kebenaran dakwaan tersebut.

Dalam apa Sydney Morning Herald mengistilahkan sebagai "politik terang-terangan",[18] Anwar ditahan pada 20 September 1998. Beliau kemudiannya didakwa atas tuduhan rasuah kerana didakwa mengganggu siasatan polis terhadap dakwaan salah laku seksual yang dibuat terhadapnya. Ketika ia masih dalam tahanan polis pada tahun 1998, Anwar telah dipukul oleh bekas Ketua Polis Negara, Rahim Noor. Rahim kemudiannya didapati bersalah atas serangan dan dipenjara selama dua bulan pada tahun 2000. Beliau membuat permohonan maaf secara terbuka kepada Anwar dan membayar ganti rugi yang tidak didedahkan.[19] Pada April 1999, berikutan perbicaraan, Anwar dijatuhi hukuman penjara enam tahun. Dua bulan kemudian, dia dijatuhi hukuman penjara sembilan tahun, yang dia telah diarahkan untuk berkhidmat selepas beliau menamatkan hukuman enam tahun bagi kes liwat.[20]

Percubaan dan keyakinannya telah diragui secara meluas oleh masyarakat antarabangsa. Amnesty International menyatakan bahawa prosiding perbicaraan "mendedahkan corak manipulasi politik institusi penting kerajaan termasuk polis, pejabat pendakwa raya dan badan kehakiman" dan mengisytiharkan Anwar banduan hati nurani, yang menyatakan bahawa dia telah ditangkap untuk menutup mulut beliau sebagai lawan politik.[21] Ramai pemimpin dunia, termasuk Naib Presiden Amerika Syarikat Al Gore, yang dipanggil untuk pembebasannya dari penjara.

Sabitan itu dibatalkan oleh Mahkamah Agung Malaysia dan Anwar akhirnya dibebaskan dari kurungan pada 2 September 2004.[22]

Pada Julai 2008, beliau telah ditangkap atas dakwaan meliwat seorang daripada pembantu lelakinya, tetapi telah dibebaskan daripada pertuduhan itu pada Januari 2012.[23] Hakim yang menjalankan perbicaraan memutuskan bahawa bukti DNA yang digunakan dalam kes itu telah dikompromi. Walau bagaimanapun, pada 7 Mac 2014 mahkamah rayuan ke atas yang diperintah mahkamah tinggi mengembalikan semula sabitan itu. Keputusan itu dibuat kerana Anwar telah bersedia untuk bertanding dalam pilihan raya kecil pada 23 Mac 2014 yang beliau dijangka menang. Sabitan itu menghalangnya daripada berdiri. Human Rights Watch mengkritik keputusan itu, berkata ia bermotifkan politik.[24]

Krisis politik dan pemecatan keluar dari UMNO

Pada tahun 1998, Anwar dikatakan melakukan jenayah luar tabii, iaitu liwat terhadap beberapa individu yang warak dan rapat dengannya seperti Azizan Abu Bakar.[25][26] Azizan telah bersumpah dengan nama Allah dan memegang surah Yasin dan mengatakan sekiranya beliau berbohong maka beliau akan dilaknati Allah.[27][28] Anwar Ibrahim tidak melakukan perkara sama selepas itu bagi menentang dakwaan Azizan. Azizan Abu Bakar, mendedahkan di Mahkamah Tinggi pada 3 Ogos 1999 bahawa Datuk Seri Anwar Ibrahim pernah meliwatnya sebanyak 10 hingga 15 kali sejak tahun 1992.[29] Semasa perbicaraan, sebuah tilam sebagai bahan bukti telah dibawa ke mahkamah, yang dikatakan berwarna dengan air mani Anwar. Ini dikemukakan sebagai bukti DNA tindakan seks Anwar. Anwar menafikan bukti tersebut, walaupun ujian DNA keluar positif. Lim Kong Boon, seorang ahli kimia DNA, memberi keterangan semasa perbicaraan bahawa DNA yang diambil dari 10 daripada 13 noda cecair di tilam yang dipadankan dengan DNA Anwar.[30] Anwar dipecat pada 2 September 1998 atas dakwaan rasuah dan liwat, dan beberapa bulan selepas itu, beliau ditahan atas tuduhan perbuatan homoseksual. Setelah 3 kali pihak pendakwa memindah tuduhan, barulah Anwar disabitkan kesalahan berdasarkan satu saksi. Saksi tersebut menjadi pertikaian kerana telah beberapa kali menukar pengakuan.

Anwar kemudiannya disabitkan kesalahan di atas empat tuduhan rasuah berhubung penyalahgunaan kuasa dengan campur tangan dalam penyiasatan polis terhadap dakwaan salah laku seksual. Beliau menjalani hukuman enam tahun penjara sebelum dibebaskan oleh Mahkamah Persekutuan di sini apabila rayuannya dibenarkan bagi mengetepikan sabitan kesalahan meliwat berhubung pensabitannya dalam kes, iaitu genap enam tahun beliau dipecat daripada Kabinet.

Keputusan itu bermakna Anwar telah bebas daripada hukuman penjara sembilan tahun yang dijatuhkan oleh Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur pada tahun 2000 atas kesalahan tersebut.

Beliau akhirnya dipenjarakan dibawah tuduhan lain, diatas tuduhan beliau cuba mempengaruhi penyiasatan polis ke dalam tuduhan beliau seorang homoseksual. Isteri beliau, Wan Azizah menubuhkan Parti Keadilan Rakyat (PKR) untuk memperjuangkan Anwar dan politiknya.

Dalam tahun 2004 Mahkamah Persekutuan menerima rayuan Anwar terhadap pensabitan atas tuduhan liwat dan beliau seterusnya dibebaskan. Selepas dibebaskan beliau pergi ke Munich, Jerman untuk menjalani pembedahan dan rawatan. Beliau kemudiannya dilantik sebagai Ahli Bersekutu Kanan di Kolej Santo Anthony, Universiti Oxford. Selepas tamat tugasnya di Oxford beliau pergi ke Washington untuk mengambil jawatan sebagai profesor pelawat di School of Advanced International Studies (SAIS) dan kemudiannya di Universiti Georgetown.